顶上战争探索是游戏内一个重要的世界探索玩法，包含上篇和下篇两大区域，主要在玛丽弗德湾内及玛丽弗德广场等地图中进行，玩家需要完成一系列如战地摄影、战场风波、珍视之物等任务来达成100%探索度。这些任务通常涉及与特定NPC对话、寻找物品、进行拍摄或战斗，例如战地摄影任务就需要玩家前往巨人倒下处、从天而降的船只以及白胡子的船头三处位置取景。完成所有探索后，可以领取包含召唤券、金果等在内的藏宝图奖励。
探索任务流程较为线性，通常始于与关键NPC对话接取任务。隐藏剧情战争风波始于与湾内对峙地图中鬼鬼祟祟的士兵对话，之后需按顺序找到另外两名士兵对话才能完成。珍视之物系列任务则需要反复与莫比迪克号后方的一位船医互动，依次完成帮他找饮品桶、交还风贝、寻找金属盒子等步骤。部分任务如存在的意义或为了正义则要求玩家与指定的海军进行战斗对话才能完结。在进行探索时，建议仔细查看地图上的任务标记或NPC头顶的提示，并按照任务日志的指引顺序操作。
除了主线探索任务，地图中还散布着需要收集的宝藏和可触发对话的普通NPC。玛丽弗德湾内通常设有三个宝藏点，它们基本都分布在莫比迪克号周围，仔细探索即可发现。地图上许多显示名字的NPC都提供了额外的对话选项，与之互动往往能直接获得如三万贝利或少量觉醒石等奖励，虽然单次奖励不多但积少成多，建议玩家在跑图时顺手完成这些对话。达成特定探索条件还能解锁一些隐藏剧情图鉴，例如在湾内突入地图的特定位置，使用艾斯、大熊、巴基等特定角色可以触发同胞相遇、联手等专属剧情。
顶上战争探索也关联着一个名为顶上决战的限时活动玩法，该活动要求玩家等级达到20级后，从游戏右上角进入界面并组成四人小队进行挑战。挑战分为普通难度和英雄难度，通关普通难度后即可解锁英雄难度。英雄难度下不仅事件更多，首次完成各个事件还能领取地图奖励，累计事件完成度则可领取额外的完成度奖励。活动结束后，系统会根据队伍在战区和全服的排名发放称号奖励，同时完成相关的活动任务也能获得各种资源奖励。
