许多玩家都曾遇到过村庄居民莫名消失的困扰，这通常并非游戏漏洞，而是由多种游戏内的常规机制导致的。其中最常见且直接的原因来自敌对生物的袭击，尤其是僵尸。当玩家抵达村庄附近时，敌对生物也会随之刷新生成。在没有有效保护措施的情况下，村民极易在夜间或玩家未注意时被僵尸攻击并杀死，从而导致整个村庄变得空空荡荡。这是一种需要玩家主动防范的生存挑战。
除了直接的攻击，游戏的运行机制本身也可能导致村民消失。当玩家远离村庄达到一定距离后，游戏为了优化性能会对部分区块进行卸载或处理。如果村民所处的区块被卸载，他们可能会被视为消失。游戏系统在某些条件下（例如玩家长期远离村庄）也有可能进行自动刷新，使得村民不复存在。保持与村民活动区域的距离不超过一定范围，是确保他们持久存在的关键之一。
村民的消失也可能源于他们自身的移动行为。在某些情况下，村民并非死亡，而是自行移动到了其他地点，甚至可能转移到了另一个村庄。在游戏的逻辑中，村民是能够自由行动的生物，他们会寻找安全的路径或被特定条件吸引，例如寻找未认领的工作站点方块。当你回到熟悉的村庄却不见人影时，不妨扩大搜索范围，他们或许只是搬家到了不远处的另一个角落。
另一种特定的情况与村民的职业相关，这在游戏社区中常被视为一个已知的机制问题。村民在认领了工作站点方块后会获得职业并开放交易。有时村民可能会失去与其绑定的职业，看起来像是职业消失了。这通常发生于工作站点方块被破坏、被其他村民认领，或者村民被转移到其他维度时。解决这一问题的有效方法是在村民成功转职后，立即与其进行一次交易来锁定其职业状态，交易后的村民其职业将变得稳定。
